Hy Lạp cổ đại vốn là cái nôi của phong trào Olympic, do đó Athena được coi như sự lựa chọn thích hợp nhất để tổ chức cho kỳ Thế vận hội hiện đại đầu tiên. Thành phố này được nhất trí chọn làm nơi đăng cai kỳ Olympic đầu tiên trong cuộc hội nghị do Pierre de Coubertin, một nhà sư phạm và sử gia người Pháp, tổ chức tại Paris vào ngày 23 tháng 6 năm 1894. Ủy ban Olympic quốc tế (IOC) cũng được thành lập nhân hội nghị này.
Mặc dù gặp phải nhiều trở ngại và thoái trào nhưng Thế vận hội Mùa hè 1896 vẫn được ghi nhận là một kỳ Olympic thành công, nhờ những cuộc tranh tài thể thao có quy mô lớn nhất từ trước cho tới thời điểm đó. Sân vận động Panathinaiko, sân vận động lớn đầu tiên trên thế giới thời hiện đại, đã chật cứng bởi lượng khán giả đông nhất vào lúc đó. Nước chủ nhà Hy Lạp đạt được thành tích nổi bật nhờ chiến thắng trong môn marathon của Spiridon Louis. Vận động viên thành công nhất trong kỳ Thế vận hội là đô vật và vận động viên thể dục dụng cụ người Đức Carl Schuhmann, người đã giành được tới 4 huy chương vàng. Trong kỳ thế vận hội đầu tiên này không có nữ vận động viên nào tham dự.
Sau kỳ Thế vận hội, một số nhân vật cấp cao, trong đó có Vua Georgios I của Hy Lạp cùng một số vận động viên người Mỹ, kiến nghị với Coubertin và IOC rằng tất cả những kỳ Thế vận hội sau nên được tổ chức tại Athena. Tuy nhiên 4 năm sau, Thế vận hội Mùa hè 1900 lại được tổ chức tại thành phố Paris của Pháp và ngoại trừ kỳ Thế vận hội 1906 không được IOC công nhận chính thức, phải 108 năm sau, Athena của Hy Lạp mới được tổ chức sự kiện này lần thứ hai vào năm 2004.
Trong suốt thế kỷ 18, rất nhiều sự kiện thể thao quy mô nhỏ trên khắp châu Âu đã được định danh sau kỳ Đại hội Olympic cổ đại. Coubertin đề xuất một ý tưởng khôi phục lại sự kiện thể thao này nhưng dưới hình thức đa quốc gia và đa sự kiện thi đấu. Đại hội Olympic cổ đại dù cũng có ý nghĩa quốc tế vì các thành bang và thuộc địa của Hy Lạp đều tham dự, nhưng chỉ có những vận động viên nam dòng dõi Hy Lạp mới có quyền thi đấu. Năm 1890, Coubertin viết một bài báo đăng tại tạp chí La Revue Athletique với nội dung tán dương tầm quan trọng của Much Wenlock, một thị trấn thuơng mại ở hạt Shropshire của nuớc Anh. Tại đây, vào năm 1850, nhà vật lý địa phương William Penny Brookes đã thành lập Thế vận hội Wenlock, một sự kiện thể thao và tiêu khiển trong đó bao gồm điền kinh và một số môn thể thao đồng đội như cricket, bóng đá và ném vòng. Coubertin cũng nắm bắt ý tuởng từ những sự kiện thể thao tổ chức tại Hy Lap bởi thương gia Evangelos Zappas.
Ngày 18 tháng 6 năm 1864, Coubertin tổ chức một hội nghị tại Sorbonne, Paris để giới thiệu ý tuởng của ông tới những đại diện của các đoàn thể đến từ 11 quốc gia. Theo sau việc đề xuất này đuợc chấp thuận, hội nghị bắt đầu định thời điểm để tổ chức kỳ Thế vận hội hiện đại đầu tiên. Coubertin gợi ý rằng Thế vận hội nên được tổ chức đồng thời với hội chợ triển lãm thế giới năm 1900 tại Paris. Tuy nhiên do lo ngại rằng 6 năm là một khoảng thời gian quá dài và có thể làm mất đi sự hứng thú của công chúng, các thành viên của hội nghị đã đi đến quyết định chọn năm 1896 làm thời điểm tổ chức kỳ Thế vận hội mở đầu. Sau khi ấn định thời gian, hội nghị hướng sự chú ý tới việc chọn một thành phố đăng cai tổ chức Thế vận hội. Việc tại sao Athena của Hy Lạp đuợc chọn làm chủ nhà vẫn còn là điều bí ẩn. Năm sau đó, cả Coubertin và Demetrius Vikelas đưa ra những cuốn hồi ký về quá trình chọn lựa nhưng trái với những gì diễn ra trong những phút chính thức của hội nghị. Rất nhiều tài liệu cho rằng một số đại biểu đã đề xuất tổ chức Thế vận hội tại London nhưng không được Coubertin đồng ý. Sau một cuộc hội ý ngắn gọn với Vikelas, nguời đã giới thiệu Hy Lạp, Coubertin đã đề cử Athena. Vikelas chính thức đưa kế hoạch này vào ngày 23 tháng 6, và do Hy Lạp là cái nôi của Olympic nên đã được các đại biểu chấp thuận. Vikelas sau đó đã được bầu làm chủ tịch đầu tiên của Ủy ban Olympic quốc tế.
Thông tin về việc Thế vận hội sẽ quay trở lại với Hy Lạp đã được đón nhận một cách nồng nhiệt bởi công chúng, giới truyền thông và gia đình hoàng gia. Theo như Coubertin thì "Thái tử Constantine đón nhận thông tin Thế vận hội đuợc khởi đầu tại Athena với niềm vui sướng tột cùng". Coubertin còn xác nhận rằng "Đức vua và Thái tử sẽ bổ nhiệm người để tổ chức Thế vận hội". Sau đó Coubertin cũng thông báo rằng ông sẽ đảm đương chức chủ tịch của Ủy ban tổ chức 1896.
Tuy nhiên, đất nước Hy Lạp lúc đó đang gặp phải một số khó khăn về tài chính cũng như hỗn loạn về chính trị. Chức vụ thủ tướng lần lượt thuộc về Charilaos Trikoupis và Theodoros Deligianis trong suốt những năm cuối của thế kỷ 19. Vì vậy, cả thủ tướng Trikoupis và Stephanos Dragoumis, chủ tịch Ủy ban Thế vận hội Zappas, một ủy ban đã nỗ lực tổ chức hàng loạt kỳ Thế vận hội trong nước, đã tin rằng Hy Lạp không thể tổ chức được kỳ Thế vận hội 1896. Cuối năm 1894, ủy ban tổ chức dưới quyền của Stephanos Skouloudis đã đưa ra bản báo cáo rằng tổng chi phí cho kỳ Thế vận hội này có thể cao gấp ba lần ước tính của Coubertin. Họ kết luận rằng tốt nhất không nên tổ chức sự kiện này và đưa ra lời rút lui. Tổng chi phí lên tới con số 3.740.000 drachma (khoảng 448.000 đô-la Mỹ).
Với viễn cảnh khôi phục Thế vận hội không mấy sáng sủa, Coubertin và Vikelas bắt đầu một chiến dịch để cứu nguy cho kế hoạch. Nỗ lực của họ bắt đầu vào ngày 7 tháng 1 năm 1895 khi Vikelas thông báo rằng Thái tử Constantine sẽ nắm chức chủ tịch Ủy ban tổ chức. Trách nhiệm đầu tiên của ông là phải quyên góp đủ số tiền cần thiết để tổ chức Thế vận hội. Ông đã đánh vào lòng yêu nước của người dân Hy Lạp để thúc đẩy nguồn cung ứng tài chính[10]. Sự nhiệt tình của Thái tử Constantine đã làm dấy lên phong trào quyên góp tiền từ công chúng. Riêng giới thường dân đã góp được 330.000 drachma. Một bộ tem thư đặc biệt đã được đặt mua với trị giá lên đến 400.000 drachma. Với yêu cầu của Constantine, thương gia George Averoff đã đồng ý chi trả tới 1 triệu drachma cho việc trùng tu sân vận động Panathinaiko. Để ghi nhớ công lao của Averoff, một bức tượng của ông đã được dựng lên bên ngoài sân vận động và kéo rèm ngày 5 tháng 4 năm 1896. Ngày nay, bức tượng Averoff vẫn còn ở nguyên vị trí cũ.
Một số vận động viên tham dự Thế vận hội vì họ tình cờ có mặt ở Athena để du lịch hoặc có công chuyện trong suốt thời gian sự kiện thể thao này được tổ chức, ví dụ như một số vận động viên người Anh làm việc tại đại sứ quán. Ngôi làng Thế vận hội cho các vận động viên chỉ được xây dựng từ kỳ Thế vận hội Mùa hè 1932. Do đó họ phải tự túc lo chỗ ăn ở tạm thời.
Nội quy đầu tiên được IOC thông qua năm 1894 là chỉ chấp thuận các vận động viên nghiệp dư được tham dự Thế vận hội. Nhiều cuộc tranh tài được tổ chức dưới luật thi đấu dành cho giới nghiệp dư, ngoại trừ môn đấu kiếm. Nội quy này không được thay đổi, do vậy ban tổ chức phải lựa chọn bộ luật của nhiều liên đoàn thể thao quốc gia. Ban giám khảo, trọng tài và người điều khiển trận đấu được gọi bằng những cái tên theo kiểu cổ nhân (Ephar, Helanodic và Alitarc). Hoàng tử George là người đóng vai trò trọng tài cấp cao nhất, theo như Coubertin, "sự hiện diện của ông mang đến sức nặng quyền lực tới quyết định của các giám sát viên”.
TTVN Online