32 đội bóng sẽ được chia làm 4 nhóm hạt giống dựa trên vị trí của các đội tại bảng xếp hạng FIFA tháng 10/2017. Theo quy tắc này, 8 đội rơi vào nhóm hạt giống 1 sẽ là chủ nhà Nga, Brazil, Bỉ, Đức, Ba Lan, Bồ Đào Nha, Pháp và Argentina.

Với nhóm thứ 2, có 5 vị trí đã chắc chắn gồm Tây Ban Nha, Anh, Colombia, Mexico và Uruguay. Nếu Peru (chuẩn bị đá play-off với New Zealand), Thụy Sỹ và Italia (chuẩn bị đá play-off châu Âu) chính thức giành vé tới Nga, họ cũng sẽ rơi vào nhóm hạt giống số 2 này.

Với nhóm thứ 2, có 5 vị trí đã chắc chắn gồm Tây Ban Nha, Anh, Colombia, Mexico và Uruguay. Nếu Peru (chuẩn bị đá play-off với New Zealand), Thụy Sỹ và Italia (chuẩn bị đá play-off châu Âu) chính thức giành vé tới Nga, họ cũng sẽ rơi vào nhóm hạt giống số 2 này.

Phân loại trên dựa theo các phân tích dữ liệu 7 đội tuyển đứng đầu BXH của FIFA trong tháng 10/2017. Trong đó, đội đứng đầu sẽ cùng chủ nhà Nga nằm ở nhóm hạt giống số 1 của World Cup 2018. Ba nhóm kế tiếp cũng được xác định căn cứ trên thứ bậc BXH của FIFA. 8 đội có thứ hạng tốt kế tiếp sẽ vào nhóm hạt giống thứ hai. Nhóm thứ ba và thứ tư được phân tương tự.

Lễ bốc thăm chia cặp cho vòng loại thứ 2 khu vực châu Âu gồm 8 đội tuyển: Thụy Sỹ, Ý, Đan Mạch, Croatia (nhóm 1), Thụy Điển, Bắc Ireland, Hy Lạp, Ireland (nhóm 2) sẽ diễn ra vào ngày 17/10.

Các trận lượt đi và lượt về sẽ diễn ra vào các ngày 9-11/11 và 12-14/11. Còn 2 trận play-off giữa Honduras-Australia và New Zealand-Peru sẽ diễn ra vào các ngày 06/11 và 14/11.