Khi tập thiền, người ta lấy ý chí điều khiển trung tâm hô hấp để điều hòa hô hấp. Khi tập được phản xạ này, người ta điều khiển tiếp làm giãn cơ song song với điều khiển hô hấp.

Theo GS.TS Nguyễn Ngọc Kha, nguyên Trưởng khoa Ngoại Bệnh viện K, chuyên gia về thiền: Nghiên cứu những biến đổi sinh lý, sinh hóa, tuần hoàn, hô hấp, điện não..., người ta thấy thiền tác động đến tất cả các cơ quan, làm thay đổi hoạt động của cơ quan theo hướng tích cực, giúp cơ thể khỏe về thể chất và tinh thần.

Thiền làm cơ thể tiêu hao năng lượng ít, tránh được nhiều gốc tự do, làm não yên tĩnh, kéo dài tuổi thọ.

Tư thế thiền kinh điển là kiết già, bán già. Thực tế, người ta có thể ngồi ghế tựa, nằm, cái chính là tập trung tư tưởng vào điều khiển hô hấp. Quá trình điều khiển hô hấp diễn ra như sau: Thở vào, hít thở qua mũi, từ từ phình bụng ra, từ trên xuống dưới. Thở ra: thóp bụng vào từ dưới lên trên. Cơ bản là tập trung ý thức vào điều khiển nhịp thở từ thở sâu đến nông dần, từ thở nhanh đến chậm dần.

Người tập thiền thâm hậu chỉ thở 3-4 nhịp/phút, có người chỉ thở 1 lần/phút. Để có hiệu quả, nên tập thiền ở nơi thoáng mát, yên tĩnh vào những giờ nhất định như sáng sớm hay tối trước khi đi ngủ (người tập thiền tốt rồi thì có thể tập ở bất cứ nơi nào, bất cứ lúc nào cũng có thể nhập được thiền).

GS Kha cho biết, theo y học phương Đông, thiền có tác dụng phòng bệnh do thiền tạo ra trạng thái cân bằng nội môi, cân bằng giữa cơ thể và môi trường sống, tăng cường miễn dịch, tăng đề kháng, tăng cường sức khỏe. Khi thiền, não trong trạng thái yên tĩnh, các ion của não chuyển động thấp và trật tự nhất; não lúc này dễ cảm nhận được những biến loạn cơ thể, giúp phát hiện bệnh sớm.

Với thần kinh não bộ, thiền là một phương pháp thể dục vệ sinh tốt nhất đối với não bộ vì não được yên tĩnh, không tiêu hao nhiều năng lượng nên giảm gốc tự do, chậm lão hóa tế bào thần kinh não.

Thiền giúp điều khiển một số biến loạn thần kinh não như nhức đầu cơ năng. Thiền trước khi ngủ tránh được mất ngủ, ngủ ngon giấc, không mộng mị, ác mộng. Thiền giúp trí nhớ tốt, tránh được bệnh suy giảm trí nhớ (Alzheimer), tránh run tay ở người già.

Với hệ cơ xương, thiền chống được hội chứng chuột rút ở người già. Thiền lâu dài có thể chữa được bệnh đau xơ cơ tỏa lan, giúp đi lại vững chắc, không lập cập ở người già.

Với cột sống, thiền tránh được đau cột sống lưng đối với hội chứng đau thắt lưng khi ngồi nhiều. Khi thiền với tư thế kiết già hay bán già, cột sống thẳng, không cong gấp.

 Với hệ tiêu hóa, tập thở kiểu thiền làm nhu động ruột được điều hòa, kích thích tiêu hóa, ăn ngon miệng, tránh táo bón. Khi thở làm thay đổi nhu động nội tạng, như được mát xa nội tạng sinh dục. Thiền tạo được khả năng ức chế tập trung, do đó chủ động trong quan hệ tình dục, xuất tinh chủ động.

Khi thiền, nhịp tim giảm 3-4 nhịp/phút nên kéo dài đời sống của tim. Một số trường hợp như huyết áp cao, biến loạn nhịp tim như ngoại tâm thu, thiền cũng giúp ổn định bệnh. Một số người bị hen, tập thiền sẽ điều chỉnh được hô hấp, cắt được cơn hen, lâu dài chữa được bệnh hen.