Nằm trong chương trình thi đấu của Đại hội TDTT toàn quốc, chiều 17/6/2006 đã diễn ra Lễ khai mạc giải Bóng đá Đại hội TDTT toàn quốc lần thứ V. Tham dự giải năm nay có 20 đội bóng đến từ các tỉnh thành ngành thi đấu theo thể thức loại trực tiếp. Có thể nói, giải diễn ra trong thời gian này là một thiệt thòi lớn, bởi sự quan tâm và theo dõi của khán giả bị phân tán vì không khí World Cup. Theo nhận định của giới chuyên môn nhiều địa phương tham dự giải mà không đặt nặng vấn đề thành tích. Chính vì điều này đã làm cho giải kém hấp dẫn hơn rất nhiều so với giải Vô địch quốc gia hay hạng Nhất.
Theo điều lệ giải năm nay, các cầu thủ tham dự phải là người địa phương hoặc đang chơi cho các đội bóng ở giải vô địch quốc gia...các cầu thủ ngoại binh không được thi đấu ở giải này. Ngay sau Lễ khai mạc đã diễn ra 4 trận đấu đầu tiên của vòng 1/16 trên SVĐ Hàng Đẫy; Hà Nội đã thắng đội Thanh Hoá với tỷ số 5-1, sân Lạch Tray; đội Hải Phòng thắng đội Nghệ An với tỷ số 2-0, sân Nha Trang; đội Khánh Hoà thắng Đắc Lắc với tỷ số 4-1 và Bình Định cũng giành chiến thắng trên nhà trước Lâm Đồng 4-1.
Các trận đấu diễn ra buồn tẻ, thiếu sự quyết liệt chưa xứng với tầm vóc và tên gọi của giải, các cầu thủ dường như chỉ chơi cho xong nhiệm vụ. Trên sân vận động Hàng Đẫy, đội Hà Nội đã có trận đấu một chiều trước Thanh Hoà, chỉ trong vòng ít phút của hiệp 1 các cầu thủ Hà Nội đã có được 2 bàn thắng. Sau giờ nghỉ, đội chủ nhà Hà Nội ghi thêm 3 bàn thắng và trước khi trận đấu kết thúc Thanh Hoà gỡ được một bàn thắng danh dự. BTC, NHM đều không thể phủ nhận sức hấp dẫn của Bóng đá Việt Nam nhưng vấn đề là trong khi các môn: Bóng chuyền, Đua thuyền... cũng nằm trong chương trình thi đấu của Đại hội đã thu hút một lượng lớn khán giả tới sân theo dõi cổ vũ cho các đội thi đấu, thì Bóng đá đã không được khán giả tới sân theo dõi, trên sân vận động Hàng Đẫy chỉ có khoảng 50 khán giả đến chứng kiến trận đấu này.
Giải sẽ còn tiếp tục vào ngày 20/6 với các trận đấu của vòng 2. Vòng tứ kết diễn ra vào ngày 24/6 và bán kết diễn ra 28/6. Trận chung kết được tổ chức trên sân vận động Thống Nhất, Tp HCM ngày 23/9.
TT