Sau khi nước nhà giành độc lập với một chế độ mới còn non trẻ, Việt Nam bắt tay vào xây dựng một nền thể dục thể thao trong kỷ nguyên độc lập, tự do. Với mục tiêu xây dựng một nền TDTT phục vụ cách mạng, trên cơ sở phát huy truyền thống thượng võ của dân tộc, những người làm trong lĩnh vực TDTT giai đoạn này đã tiếp thu, kế thừa có chọn lọc những tiền đề TDTT vốn có từ thời Pháp thuộc. Qua đó, xây dựng một nền TDTT mang đậm đà bản sắc dân tộc đồng thời bước đầu xây dựng cơ sở vật chất cho TDTT Việt Nam (sân vận động, bể bơi) tạo đà cho sự phát triển sau này.
Điểm nổi bật trong giai đoạn này là việc Chủ tịch Hồ Chí Minh ban hành sắc lệnh số 14 (văn bản quy phạm pháp luật đầu tiên của Chính phủ, khai sinh nền thể dục thể thao của chế độ mới), ngày 30 - 01 - 1946 thành lập một cơ quan thể dục thể thao Trung ương của quốc gia trong Bộ Thanh niên với nhiệm vụ hàng đầu là liên lạc mật thiết với Bộ Y tế và Bộ Giáo dục để "nghiên cứu phương pháp và thực hành thể dục trong toàn quốc". Sắc lệnh này cũng nêu rõ "Vấn đề thể dục rất cần thiết để tăng bổ sức khoẻ quốc dân và cải tạo nòi giống Việt Nam". Như vậy là ngay từ khi mới thành lập nền thể dục thể thao, vấn đề "cải tạo nòi giống" đã rất được coi trọng và cho đến nay sau bao nhiêu năm tháng cố gắng nỗ lực giành độc lập, ổn định kinh tế - xã hội, dưới sự lãnh đạo của Đảng và Chính phủ vấn đề này được hiện thực hóa thành một Đề án lớn của quốc gia "Nâng cao tầm vóc và thể trạng người Việt Nam".
Tuy nhiên, tại kỳ họp Quốc hội đầu tiên 2 -3-1946, do việc cải tổ lại Chính phủ nên Bộ Thanh niên không còn nữa. Trước tình hình đó, Chủ tịch Hồ Chí Minh ký sắc lệnh số 38 (ngày 27 - 03 -1946) thành lập Nha Thanh niên và Thể dục trong Bộ Quốc gia Giáo dục, gồm có: Phòng Thanh niên Trung ương và Phong thể dục Trung ương. Kèm theo sắc lệnh này, Chủ tịch Hồ Chí Minh cũng đăng tải một bài viết đăng trên Báo "Cứu quốc" ra ngày 27-3-1946. Bài viết này cũng nêu bật lên quan điểm, tư tưởng của Chủ tịch Hồ Chí Minh về TDTT đó là "dân cường, nước thịnh" (mỗi người dân mạnh khoẻ là cả nuớc mạnh khoẻ). Xuất phát từ thực tế bản thân, từ nhận thức về tầm quan trọng của sức khoẻ cũng như vai trò của thể dục trong cuộc sống, Chủ tịch Hồ Chí Minh mong muốn mỗi một người dân hãy cố gắng tập thể dục và ngay bản thân Người ngày nào cũng tập "Tự tôi ngày nào cũng tập". Câu khẩu hiệu đó đã trở nên quen thuộc đối với mỗi nguời dân Việt Nam yêu thể thao. Và sau này (bắt đầu từ năm 1991), ngày Bác Hồ ký sắc lệnh số 38 (27 - 03) đã trở thành "Ngày thể thao Việt Nam" hàng năm.
Tiếp nối lời hô hào toàn dân tập thể dục của Bác, vào giai đoạn cuối tháng 3 -1946, Nha thể dục Trung ương cũng đã triển khai phong trào "Khoẻ vì nước" nhằm tạo nền tảng, phổ cập TDTT trong quần chúng. Phong trào này đã góp phần vào khí thế sục sôi cách mạng của nhân dân ta sau Cách mạng tháng Tám. Đây cũng có thể coi là bước khởi đầu cho phong trào TDTT quần chúng sau này. Tuy nhiên, do nguồn kinh phí cho TDTT còn hạn hẹp (kinh phí chủ yếu giành cho việc tổ chức và đào tạo đội ngũ cán bộ, HLV), thời gian ngắn nên phong trào này mới chỉ tập trung chủ yếu ở các đô thị, chưa mở rộng ra nông thôn và miền núi cũng chưa phổ cập trong đông đảo nhân dân mà mới chỉ tập trung chủ yếu ở lực lượng thanh niên. Nhìn chung, giai đoạn 1945 - 1946 có ý nghĩa đặc biệt với những bài học sâu sắc mở đầu giai đoạn mới của lịch sử TDTT Việt Nam đồng thời là tiên đề cho thể dục thể thao Việt Nam phát triển trong những năm sau.