Ngành Thể dục thể thao cũng đã có những định hướng và giải pháp khắc phục và phát triển cho thể thao trường học như quy hoạch phát triển TDTT trường học đến năm 2010 và định hướng phát triển đến năm 2020. Ngành đã ban hành các văn bản pháp quy phù hợp, trong đó có chế độ chính sách đối với giáo viên thể dục để quản lý TDTT trường học hiệu quả hơn; Đội ngũ giáo viên thể dục, tuy còn có khó khăn về biên chế, nhưng sẽ từng bước giải quyết; tiếp tục chỉ đạo đổi mới nội dung và chương trình giáo dục thể chất...

Tuy nhiên hiện nay, thể thao trường học còn gặp nhiều khó khăn và là một vấn đề bất cập. Nhận thức của các cấp quản lý giáo dục về vị trí và vai trò của công tác giáo dục thể chất trong trường học còn chưa đầy đủ. Hình thức hoạt động TDTT chưa phong phú, chưa thu hút đông đảo học sinh tham gia do thiếu thốn cơ sở vật chất phục vụ cho việc rèn luyện thân thể của học sinh, nhất là sân tập TDTT; hiệu quả giáo dục thể chất còn thấp do thiếu giáo viên thể dục chuyên trách.

Nguyên nhân chủ yếu của những khó khăn hạn chế là do các cấp uỷ Đảng, chính quyền địa phương và trường học chưa thực sự quan tâm chỉ đạo và đầu tư cho TDTT trường học; ngành giáo dục và đào tạo chưa có các giải pháp tích cực và hiệu quả để phát triển TDTT trường học. Một số cha mẹ học sinh còn chưa ý thực được việc học thể thao cùng với việc học văn hoá. Họ nghĩ thể thao là chưa quan trọng bằng việc học văn hoá vì thế họ vẫn chưa cho con của mình học thêm hay tham gia tập luyện các môn thể thao.

Điều này cho thấy để phát triển thể thao trường học đòi hỏi phải có sự lãnh đạo, chỉ đạo sâu sát hơn của các cấp uỷ Đảng và chính quyền; sự phối hợp của mọi lực lượng xã hội, trong đó sự phối hợp chặt chẽ giữa ngành Giáo dục và ngành Thể thao, để tạo ra môi trường vui chơi giải trí cũng là một môi trường để các em có thể phát huy được năng khiếu của mình. Và đây cũng là nơi  những nhân tài  thể thao sẽ được phát hiện và là nguồn cung cấp vận động viên đỉnh cao cho thể thao Việt Nam.