Đội giữ vị trí cao nhất tại vòng loại sẽ tiếp tục bước vào tranh tài tại vòng chung kết của giải Bóng đá nữ U19 châu Á 2013 cùng với 5 đội tuyển được đặc cách vào thẳng gồm: Nhật Bản, Hàn Quốc, Triều Tiên, Trung Quốc và Úc. Chiếc vé duy nhất còn lại tại vòng loại sẽ được BTC chia làm 2 giai đoạn để thi đấu, giai đoạn 1 là vòng sơ loại và giai đoạn 2 là vòng loại.
Vòng sơ loại diễn ra từ 19/10 - 28/10/2012, với sự góp mặt của 12 đội tuyển gồm: Uzbekistan, Ấn Độ, Bangladesh, Kyrgyzstan, Tajikistan, Đài Loan, Myanmar, Philippines, Hong Kong, Iran, Jordan và Palestine. Các đội bóng này sẽ được chia làm 3 bảng và thi đấu vòng tròn 1 lượt tính điểm xếp hạng, chọn đội nhất, nhì tại mỗi bảng vào thi đấu tiếp ở vòng loại.
Vòng loại do Việt Nam đăng cai tổ chức sẽ gồm 8 đội bóng tham gia tranh tài, trong đó có 6 đội bóng vượt qua vòng sơ loại và 2 đội tuyển xếp hạng 6, 7 tại giải lần trước được vào thẳng vòng loại là U19 nữ Việt Nam và U19 nữ Thái Lan. 8 đội bóng này sẽ chia làm 2 bảng, thi đấu theo thể thức vòng tròn 1 lượt tính điểm xếp hạng tại mỗi bảng. 2 đội xếp nhất bảng sẽ thi đấu trong trận play-off để tranh suất vào VCK dự kiến diễn ra từ 1 - 13/10/2013.
Theo tin từ BHL, đội U19 nữ Việt Nam sẽ có đợt tập trung đầu tiên trong năm 2012 vào đầu tháng 8 để chuẩn bị tham dự giải vô địch U19 nữ Đông Nam Á 2012 và đội sẽ tập trung đợt 2 vào khoảng đầu tháng 10 để chuẩn bị cho vòng loại U19 châu Á 2013.
N. H