Đã giành chiến thắng 2-0 ở lượt đi trên sân nhà, nhưng câu lạc bộ Hà Lan Ajax lại gặp vô vàn khó khăn trước CLB của Bundesliga, Schalke 04 ở trận lượt về. Hai bàn thắng của Leon Goretzka và Guido Burgstaller chỉ trong vòng có 3 phút từ 53 đến 56, cùng tấm thẻ đỏ ở phút 80 của trung vệ Joel Veltman khiến Ajax mất đi lượt thế và hai đội phải kéo nhau vào hiệp phụ.

Sang phút 101, đội bóng nước Đức tiếp tục có bàn thắng nâng tỷ số lên 3-0 khi Daniel Caligiuri đánh đầu vào góc thấp bên phải khung thành từ đường chuyền bóng của Sead Kolasinac - tân binh Arsenal mới chiêu mộ. Đó đã là pha kiến tạo thứ hai của anh trong trận này.

Tuy nhiên tinh thần quả cảm đã giúp Ajax có bàn thắng cực kỳ quan trọng do công của Nick Viergever ở phút 111. Chỉ một bàn thắng là đủ để Ajax đi tiếp. Vào những bù giờ cuối cùng, Amin Younes tiếp tục ấn định tỷ số thua 3-2 cho CLB Hà Lan, nhưng giành quyền đi tiếp với tổng số 4-3 sau hai lượt trận.

Ở một trận đấu khác, bàn thắng mở tỷ số "quý như vàng" của Pione Sisto ở phút 63 giúp Celta Vigo đi tiếp với tổng tỷ số 4-3 sau hai lượt trận, dù sau đó Genk đã san hòa 1-1 nhờ bàn gỡ của Leandro Trossard, chỉ bốn phút sau. Lịch sử đã được tạo ra với câu lạc bộ của La Liga, bởi đây là lần đầu tiên họ lọt vào vòng bán kết cúp châu Âu.

Tại thủ đô Thổ Nhĩ Kỳ, Istanbul, Lyon đã hạ Besiktas 7-6 trên chấm penalty sau khi đội chủ nhà thắng 2-1 sau 120 phút thi đấu (Talisca ghi hai bàn cho đội chu nhà, còn Alexandre Lacazette ghi bàn cho Lyon), tổng tỷ số sau hai lượt trận khi đó là 3-3. Và hai đội phải phân định thắng thua bằng loạt đá luân lưu 11m.

Cả hai đội đều thành công cho tới lượt đá thứ 6, khi Dusko Tosic lẫn Christophe Jallet (Lyon) đều đá hỏng hai quả luân lưu của mình. Nhưng ở lượt đá sau đó, trong khi Matej Mitrovic (Besiktas) không thể thắng được Anthony Lopes, thì Maxime Gonalons đã không phạm sai lầm nào.

Như vậy bốn đại diện cuối cùng của vòng bán kết Europa League năm nay là Ajax, Celta Vigo, Lyon và Manchester United.