Năm 2006, giải Bóng đá Cúp quốc gia sẽ có 27 đội tham dự (đội Cần Thơ bị kỷ luật nên loại khỏi danh sách) trong đó bao gồm 13 CLB Ngoại hạng và 14 đội hạng Nhất.

Các đội sẽ thi đấu với nhau theo thể thức đấu loại trực tiếp một trận (theo lịch thi đấu đã bốc thăm), hai đội thắng sẽ vào thi đấu trận chung kết, hai đội thua vòng bán kết sẽ cùng xếp thứ ba. Đội Vô địch sẽ thi đấu trận Siêu Cúp quốc gia và đại diện cho Bóng đá Việt Nam tham dự cúp Vô địch các CLB Châu Á năm 2007.

Cũng theo điều lệ giải, ngoài được tặng Cúp, cờ, huy chương Vàng, đội Nhất sẽ được nhận giải thưởng 250 triệu đồng, đội Nhì được nhận 125 triệu đồng và hai đội hạng Ba được nhận 50 triệu đồng. Theo dự kiến, Cúp quốc gia sẽ được bắt đầu từ ngày 31/12 bằng trận đấu giữa đội Hòa Phát Hà Nội và Quân khu 5 trên sân Hàng Đẫy. Trận chung kết sẽ diễn ra vào ngày 3/9/2006

Cùng với giải Cúp quốc gia, năm 2006 cũng sẽ diễn ra giải Bóng đá lứa tuổi 19. Tham gia giải có 19 đội bóng của các CLB Bóng đá chuyên nghiệp (Ngoại hạng, hạng Nhất quốc gia).

19 đội bóng được chia làm 3 bảng theo khu vực địa lý, thi đấu vòng tròn 2 lượt tính điểm, xếp hạng ở mỗi bảng để chọn 8 đội vào thi đấu ở vòng chung kết như sau: Bảng A và Bảng C sẽ chọn 3 đội có xếp hạng cao nhất vào thi đấu Vòng Chung kết, riêng Bảng B sẽ chọn 2 đội có xếp hạng cao nhất vào thi đấu Vòng Chung kết.

8 đội này sẽ được chia làm 2 nhóm, thi đấu vòng tròn một lượt ở mỗi nhóm để tính điểm và xếp hạng. Hai đội thắng ở vòng Bán kết sẽ vào thi đấu trận Chung kết và 2 đội thua ở vòng Bán kết đồng xếp hạng 3.

Ngoài Cúp, cờ, huy chương Vàng, đội Nhất sẽ được nhận giải thưởng 60 triệu đồng, đội Nhì được nhận 40 triệu đồng và 2 đội đồng hạng 3 được nhận 25 triệu đồng. Ngoài ra, BTC còn trao giải phong cách trị giá 20 triệu đồng và cầu thủ ghi nhiều bàn thắng nhất 3 triệu đồng.

Vòng loại của giải sẽ diễn ra từ ngày 09/01/06 đến 09/3/06 và vòng chung kết sẽ diễn ra từ ngày 11 đến 20/4/06.

Thái Dương