Nguyên Sa là sản phẩm của lò đào tạo trẻ Đà Nẵng. Anh lên đội một vào năm 2008 trước khi trở thành hạt nhân trong chức vô địch V.League 2012 cùng đội bóng quê hương. Kết thúc mùa giải 2016, Nguyên Sa chuyển đến CLB Quảng Ninh theo tiếng gọi của người thầy Phan Thanh Hùng.
Trở lại CLB Đà Nẵng ở tuổi 32, Nguyên Sa nhiều khả năng sẽ giải nghệ trong màu áo đội bóng quê hương. Anh gắn bó với Đà Nẵng từ năm 11 tuổi. Nếu giành thêm danh hiệu, đây sẽ là đoạn kết đẹp cho sự nghiệp của tiền vệ này.
B.Đ