Theo đó, Trưởng ban Ban Chỉ đạo Đại hội Thể thao học sinh Đông Nam Á lần thứ 5 năm 2013 là ông Phạm Vũ Luận, Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo. Các Phó Trưởng ban gồm bà Đặng Thị Bích Liên - Thứ trưởng Bộ VHTTDL; ông Trần Quang Quý – Thứ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo; bà Nguyễn Thị Bích Ngọc – Phó Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội.
11 Ủy viên BCĐ là đại diện lãnh đạo Bộ Thông tin và Truyền thông; Bộ Tài chính; Bộ Kế hoạch và Đầu tư; Bộ VHTTDL; Bộ Giáo dục và Đào tạo; Bộ Ngoại giao; Bộ Công an; Bộ Y tế; Ủy Ban Olympic Việt Nam.
Ban chỉ đạo có nhiệm vụ chỉ đạo việc xây dựng và ban hành kế hoạch tổ chức Đại hội; xét duyệt chương trình công tác của Ban Tổ chức Đại hội và các Tiểu ban chuyên môn thuộc Ban Tổ chức Đại hội; đồng thời chỉ đạo, hướng dẫn, đôn đốc, kiểm tra điều phối việc triển khai chuẩn bị và tổ chức Đại hội.
Theo Quyết định phê duyệt Đề án Đại hội Thể thao học sinh Đông Nam Á lần thứ 5 do Thủ tướng Chính Phủ Nguyễn Thiện Nhân ký ngày 21/01/2013, Đại hội dự kiến được tổ chức trong 9 ngày từ 22 - 30/6/2013, tại Hà Nội gồm 9 môn thi đấu: Điền kinh, Cầu mây, Bơi, Cầu lông, Bóng rổ, Thể dục, Bóng bàn, Bóng chuyền, Pencak Silat.
Đoàn Thể thao học sinh Đông Nam Á của 8 nước trong Hội đồng (Việt Nam, Singapore, Indonesia, Thái Lan, Malaysia, Brunei, Philipines, Campuchia) và 1 nước mời (Lào) với 1500 vận động viên, huấn luyện viên và cán bộ đoàn, 200 quan chức, khách mời, phóng viên, 1000 trọng tài, an ninh phục vụ, thanh niên tình nguyện sẽ tới dự Đại hội.
A.T