Tại Đại hội lần này, đoàn Thể thao sinh viên Việt Nam tham dự với tổng số 247 VĐV tới từ 28 trường Cao đẳng, Đại học trên toàn quốc. Được coi là "đại bản doanh" của đoàn thể thao sinh viên Việt Nam, Trường Đại học TDTT I đóng góp tới 158 VĐV tham dự tại tất cả các môn: Bóng bàn (9), Bơi lội (10), Bóng chuyền (22), Bóng đá (19), Cờ vua (3), Bóng rổ (9), Cầu lông (5), Điền kinh (21), Karatedo (11), Pencak Silat (38), Taekwondo (9) và Quần vợt (2).

Sáng 5/12, đoàn khảo sát của Uỷ ban TDTT và Bộ Giáo dục - Đào tạo đã đi kiểm tra cơ sở vật chất các địa điểm thi đấu của Đại hội. Theo chương trình làm việc đã xây dựng, hôm nay đoàn khảo sát đã kiểm tra 4 địa điểm là Khu Liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình (nơi diễn ra 2 môn thi Điền kinh và Bóng đá); Cung thể thao dưới nước (Bơi lội);

Sáng 17/12, tại NTĐ Cầu Giấy đã diễn ra Lễ Khai mạc môn Cầu lông trong chương trình thi đấu của Đại hội TDTT sinh viên Đông Nam Á lần thứ 13 - 2006.

Sáng 17/12/2006, tại nhà thi đấu Trường Đại học TDTT I - Từ sơn – Bắc Ninh đã diễn ra Lễ khai mạc môn thi Pencak Silat - một trong những nội dung tại Đại hội TDTT sinh viên Đông Nam Á lần thứ 13.

Đúng với bản chất tên gọi của nó, tối qua 18/12 nội dung Cờ chớp đã diễn ra căng thẳng, quyết liệt và kết thúc một cách nhanh chóng. Đại diện tham dự ở nội này của đoàn thể thao Việt Nam có: Hoàng Cảnh Huấn, Nguyễn Văn Huy, Võ Thành Ninh (nam), Nguyễn Quỳnh Anh, Nguyễn Thị Hạnh và Lê Thanh Tú (nữ). Kỳ thủ số 1 hàng đầu của Việt Nam Hoàng Thị Bảo Trâm không tham dự ở nội dung này. Kết quả chung cuộc đoàn thể thao sinh viên Việt Nam giành 3 HCV và 3 HCB.